Instytut składa się z 7 zakładów naukowych. Obszar działalności każdego z zakładów dobrze opisuje jego nazwa.

Zakład Fotoniki

Oddział Piaseczno - Zakład Technologii Mikrosystemów

Zakład Interdyscyplinarnych Zastosowań Mikro i Nanotechnologii

Zakład Charakteryzacji i Diagnostyki Struktur Półprzewodnikowych

Zakład Projektowania Układów Scalonych i Systemów Elektronicznych

Oddział Kraków - Zakład Mikroelektroniki

Oddział PREDOM - Zakład Badań Wyrobów